(一)办公室。负责机关日常运转;负责交通系统党的建设、意识形态、党风廉政建设和统一战线、非公党建工作;负责工会、共青团等群团工作;负责机构编制、人事劳资、教育培训等工作;负责重要会议的组织、重要文稿的起草及重要文件的出口把关;负责机要、文印、值班、政务信息及宣传报道、史志年鉴、政务公开、办公自动化和信息化建设、保密、档案、目标考核、精神文明、对口扶贫、卫生健康、建议提案转办、网信监督及舆情调处、公共机构节能、督查督办、公车管理、公务接待、机关后勤服务等工作。

(二)行政审批法规科(信访工作办公室)。负责交通行业行政审批改革及服务工作，推进行政审批服务便民化、标准化和相关电子政务工作;承办相关行政复议和行政应诉工作;指导监督交通运输行政执法和队伍建设;负责交通行业法律法规的宣传贯彻;承担有关规范性文件合法性审查;统筹协调交通运输行业信用体系建设;负责本系统社会治安综合治理、信访稳定、机关内保工作;负责来信、来访接待和处理。

(三)综合规划科(国防交通科、铁路民航科)。组织开展交通运输行业发展战略和产业政策研究，收集行业发展相关信息、动态，负责行业改革与发展调查研究，并提出对策和建议;贯彻落实全市交通运输行业各项规划，组织拟订和综合平衡交通运输行业发展规划、交通运输体系规划和专项规划、年度计划，提出有关专项资金投资政策和资金安排建议并监督实施;承担相关交通项目建设的前期工作和后期评估工作;负责监督实施科技创新和信息化建设相关政策、制度，组织协调项目研究、技术引进与开发、科技成果鉴定、转化和推广应用工作;负责开展交通运输领域有关合作与交流;承担行业统计分析并统筹交通扶贫工作;负责交通战备、国防动员等工作，拟订全区国防交通保障计划、方案和应急措施并组织实施，拟订和实施国防交通物资储备计划，调动国防交通物资。

(四)建设养护科。负责公路、铁路、水运、航空等交通基础设施项目的建设管理和质量监督工作;承担交通工程建设及养护市场监管工作;负责编制、组织实施各类养护计划，审查养护工程并监督实施;组织国道、省道和农村公路、水运工程等维护及养护;指导行业生态环境保护和节能减排工作;负责交通新技术、新工艺和新材料的推广和应用。

(五)财务审计科。组织拟订并监督执行交通运输行业有关资金和财务管理制度;规范和指导交通系统财务管理和会计核算工作;负责编制交通行业预决算，管理机关资金、专项资金;负责国有资产的账务管理;指导交通行业投融资工作;拟订并组织实施内部审计制度，承担机关和所属单位落实重大决策、规划计划、财务收支、内部控制及风险管理等的审计工作;按权限组织实施有关领导干部经济责任审计工作;负责有关重点交通建设项目、专项资金等审计监督;负责督促落实审计发现问题的整改。

(六)运输发展管理科。负责公路、水运和城市公共交通等综合市场管理;负责公路、水运和城市公共交通等营运市场管理及节能减排工作;编制运输发展规划、运力和线网布局规划并组织实施;参与制定物流发展规划并组织实施和管理;负责重点物资、大宗物资、紧急客货运输调控和春运工作;协助制定运输价格和收费标准;负责公路、水运经营资质及人员管理;承担汽车维修行业管理有关工作，指导运输场站管理;渔业船舶检验监督和行业指导等工作;配合铁路、民航、邮政管理及发展工作。

(七)应急管理科。贯彻落实交通运输行业安全生产监督管理相关政策、制度和标准，组织、协调和指导行业安全生产工作;负责行业安全事故统计分析，依法组织或参与有关事故调查处理;承担所属单位安全生产的监督管理工作;组织推动行业应急救援体系建设，组织、协调和指导相关突发事故的应急处置工作。